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函館市の病院事業は、ながらく市立函館病院単体による地方公営企業法の財務規定のみの適用で運営してきましたが、平成１６年１２月の市町村合併により、恵山病院と南茅部病院を加え、３病院が一つの地方公営企業体として運営されることになりました。
しかし、各病院の運営はそれぞれの病院長に委ねられ、実質的に３病院が独立したような形態となっており、３病院の院長等で構成する病院事業運営連絡協議会を設置して連絡調整や意見交換を行ってきたものの、３病院の運営を総合的に検討するまでには至りませんでした。
こうしたことから、病院事業の健全化と３病院のあり方を総合的に検討するため、平成１８年４月１日から地方公営企業法の全部を適用して病院局を設置し、病院事業管理者（病院局長）のもとで３病院を統括管理することとし、あわせて従前から市立函館病院に附設していた市立函館病院高等看護学院の運営にあたることとなりました。
| 病院局長 | 氏家 良人 |
| 管理部長 | 深草 涼子 |
| 管理部次長 | 工藤 弥生 |
| 庶務課長 | 熊木 武 |
| 経理課長 | 三浦 弘之 |
① 地方自治体病院としての市立函館病院、市立函館恵山病院、市立函館南茅部病院の経営
② 市立函館病院高等看護学院の運用
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